MOKSLINIŲ TYRIMŲ AR SKLAIDOS PROJEKTAI

 

Lietuvos mokslo tarybos gautų paraiškų, vykdytų ir vykdomų projektų sąvadas

 

Projekto galutinių rezultatų santrauka
Covid-19 infekcija: genominiai ir klinikiniai aspektai

Naujos kartos sekoskaita buvo atlikta iš 262 SARS-CoV-2 teigiamų RNR mėginių (žmogaus), gautų iš skirtingų Lietuvos regionų tarpininkaujant LSMU KK Laboratorinės medicinos klinikai. Iš viso sėkmingai buvo ištirta 238 SARS-CoV-2 genomų, kuriuose buvo nustatyta 18 PANGO linijų su 3-is pagrindinėmis padermėmis: B.53 (27.7 proc.), B.1.177.60 (24.4 proc.) ir B.1.1.280 (21.8 proc.). Dvi iš šių linijų (B.53 ir B.1.1.280) šiuo metu yra įvardijamos kaip “lietuviškosios” atmainos. Iš 238 sekų, 234 sėkmingai buvo išanalizuotos Nextclade platformoje. Sekose buvo vidutiniškai aptinkama 6.6 mutacijų. Iš viso buvo aptikta 279 aminorūgščių seką keičiančios mutacijos visuose 11-oje SARS-CoV-2 baltymus koduojančiuose regionuose, įskaitant S (41), ORF1a (102), ORF1b (48), ORF8 (29), ORF3a (22) ir N (21). Tarptautinėje duomenų bazėje GISAID buvo paskelbtos 198 žmonių mėginių virusų sekos. Papildomai buvo atlikta  9 Kanadinių audinių mėginių SARS-CoV-2 sekoskaita. Buvo nustatytos mutacijos S baltymo regione: A520S, S254F, F486L, D614G, M153T, Y453F ir D614G. 7 Kanadinių audinių SARS-CoV-2 sekos yra patalpintos GISAID duomenų bazėje.

Iš viso 145 COVID-19 persirgę asmenys buvo pakviesti dalyvauti tyrime; atvykti sutiko 79 asmenys (54,48%). Dauguma tiriamųjų (56,96 proc.) nurodė, kad turėjo kontaktą su įtariama ar patvirtinta COVID-19 liga sergančiu asmeniu. Iš visų tiriamųjų, 44,30 proc. nurodė, kad turėjo gretutinių ligų, kurios didino sunkesnės COVID-19 klinikinės eigos riziką. 96,20 proc. tiriamųjų nurodė, kad turėjo bent 1 COVID-19 ligai būdingą simptomą, iš kurių dažniausiai buvo nuovargis (65,82 proc.), karščiavimas (59,49 proc.), galvos skausmas (56,96 proc.), uoslės pojūčio praradimas (54,43 proc.) ir raumenų skausmas (53,16 proc.). 44 iš 79 tyrime dalyvavusių asmenų buvo sėkmingai nustatytas SARS-CoV-2 genomas. Statistiškai reikšmingų viruso genomo pakitimų sąsajų su lytimi, rūkymu, gretutinėmis ligomis, hospitalizavimu, ar patirtais simptomais nebuvo nustatyta. Dažniausia PANGO linija buvo B.53 (n=28). Rečiausios PANGO linijos buvo B.1 (n=7), B.1.177.60 (n=6), B.1.1.280 (n=2) ir B.1.1.220 (n=1). Pažymėtina, kad B.1 ir B.1.177.60 viruso padermėmis užsikrėtė jaunesnio amžiaus asmenys.

Serologiniai tyrimai atlikti visiems minėtiems 79 tyrimo dalyviams. Buvo laikoma, kad mėginiuose, kuriuose optinio tankio santykis yra 1,1 arba didesnis, yra specifinių IgG arba IgM klasės antikūnų prieš SARS-CoV-2 nukleokapsidinį baltymą. Specifiniai IgG klasės antikūnai prieš SARS-CoV-2 buvo nustatyti 62,03 proc. tiriamųjų. Vidutinis laikas tarp SARS-CoV-2 RNR nustatymo nosiaryklės tepinėlyje ir veninio kraujo ėminio paėmimo buvo 149.34 (±65.14) dienos. Laikotarpis tarp PGR ir serologinio ištyrimo svyravuo nuo 37 iki 239 dienų. Specifiniai IgM klasės antikūnai prieš SARS-CoV-2 buvo nustatyti tik 11,39 proc. tiriamųjų. Tik 7.59 proc. tiriamųjų turėjo tiek IgG, tiek IgM klasių antikūnų prieš SARS-CoV-2. Tačiau net 25.32 proc. tiriamųjų visai neturėjo antikūnų prieš SARS-CoV-2. Tarp SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos duomenų, reikšmingų sąsajų su imuniniu atsaku nebuvo nustatyta.

Dauguma ligos atvejų yra siejami su protrūkiais, kurių metu išplinta įvežtinis arba vietinės kilmės viruso variantas. Todėl svarbu ne tik stebėti viruso kaitos dinamiką, bet ir kuo anksčiau suvaldyti ligos židinius, kurie tyrimo duomenimis, sudarė didžiausią COVID-19 ligos atvejų skaičių. Nors remiantis tyrimo rezultatais, klinikinė COVID-19 eiga nėra susijusi su virusų mutacijomis, yra būtina tęsti tokio pobūdžio tyrimus, siekiant įvertinti SARS-CoV-2 variantų sąsajas su klinikine ligos išraiška.  Projekto rezultatų duomenimis, imuninis atsakas nėra priklausomas nuo viruso variantų, tačiau svarbu atkreipti dėmesį į tai, kad daliai pacientų IgG ir IgM nebuvo aptikta, kas rodo pakartotinio užsikrėtimo riziką. Todėl yra svarbu tęsti ir plėtoti imuninio atsako prieš SARS-CoV-2 susiformavimo tyrimus siekiant išaiškinti tikslias priežastis, kurios gali lemti antikūnų susiformavimą.


Pagrindinių rezultatų nuorodos į viešai prieinamą mokslinę ir (ar) kitą projekto produkciją

1. Straipsniai visuomeniniuose portaluose:

https://www.delfi.lt/mokslas/mokslas/pirmieji-didelio-masto-koronaviruso-tyrimo-rezultatai-lietuvoje-antrosios-bangos-virusas-kitoks.d?id=85728827

https://www.lrt.lt/naujienos/mokslas-ir-it/11/1276009/lietuviu-mokslininkai-nustate-kad-antrosios-bangos-koronavirusas-kitoks

https://www.lrytas.lt/sveikata/medicinos-zinios/2020/11/13/news/lietuvos-mokslininkai-istyre-antrosios-bangos-virusas-kitoks-galima-uzsikresti-keliomis-atmainomis-17106865/

https://m.diena.lt/naujienos/sveikata/sveikata/mokslininkai-apie-antraja-banga-virusas-mutavo-turime-elgtis-atsakingai-996083

https://www.15min.lt/mokslasit/straipsnis/laboratorija/koronaviruso-genomo-tyrimas-antrosios-bangos-virusas-kitoks-butina-infekcijos-plitimo-kontrole-650-1407616

https://kaunas.kasvyksta.lt/2020/11/13/sveikata/didelio-masto-tyrimas-lietuvoje-parode-antrosios-bangos-koronavirusas-kitoks/

https://www.tv3.lt/naujiena/lietuva/1067952/palygino-pirmaja-ir-antraja-koronaviruso-banga-si-karta-virusas-skiriasi

https://www.atviraklaipeda.lt/2020/11/13/mutavusio-viruso-atmainomis-galima-uzsikresti-ne-karta/

https://www.respublika.lt/lt/naujienos/mokslas/sveikata/koronaviruso_genomo_tyrimas_antrosios_bangos_virusas__kitoks/

http://www.regionunaujienos.lt/koronaviruso-genomo-tyrimas-antrosios-bangos-virusas-kitoks/

https://www.tvnaujienos.lt/?news_id.5605

https://www.tv3.lt/naujiena/lietuva/1068014/lsmu-tyrejai-tuo-pat-metu-galima-sirgti-keliomis-koronaviruso-atmainomis

https://paninfo.lt/technologijos-ir-mokslas/koronaviruso-genomo-tyrimas-antrosios-bangos-virusas-kitoks-butina-infekcijos-plitimo-kontrole/

http://m.technologijos.lt/cat/121/article/S-85643

https://tiesa.com/tiesa-sveikata/lsmu-mokslininkai-pirmosios-ir-antrosios-bangos-covid19-sukelejai-skiriasi/214511

https://newsbeezer.com/Lietuva/pirmieji-didelio-masto-koronaviruso-tyrimo-rezultatai-lietuvoje-antrosios-bangos-virusas-yra-kitoks/

https://www.litas.lt/koronaviruso-genomo-tyrimas-antrosios-bangos-virusas-kitoks-butina-infekcijos-plitimo-kontrole/

2. GISAID duomenų bazė: https://www.gisaid.org/

Prieiga registruotiems vartotojams. Projekto metu publikuotų SARS-CoV-2 genomo sekas galima pasiekti pagal GISAID ID pateiktą prieduose.