MOKSLINIŲ TYRIMŲ AR SKLAIDOS PROJEKTAI

 

Lietuvos mokslo tarybos gautų paraiškų, vykdytų ir vykdomų projektų sąvadas

 

Projekto galutinių rezultatų santrauka
Moksliniais tyrimais grįstos rekomendacijos COVID-19 infekcijos laboratorinei diagnostikai gerinti ir ligos eigai prognozuoti

1. COVID-19 liga sergančiųjų koinfekcijos kitais respiraciniais patogenais tyrimo rezultatai. 

Trys šimtai nosiaryklės/burnaryklės mėginių iš pacientų, kuriems buvo patvirtinta COVID-19 infekcija, buvo tiriami dėl užsikrėtimo kitais 19 kvėpavimo takų virusinių patogenų. Mėginiai buvo surinkti trejose Lietuvos gydymo įstaigose. 9 mėginiuose iš 300 buvo nustatyti kiti virusiniai patogenai. Bendras koinfekcijų su COVID-19 sukėlėju dažnis buvo 3%. Tyrimo metu buvo nustatytos koinfekcijos: su rinovirusu (4 atvejai, 1,3%), enterovirusu (2 atvejai, 0,7%), po vieną atvejį buvo identifikuotos gripo gripo A-H1 (0,3%), gripo B (0,3%) bei CoV NL63 (0,3%) koinfekcijos.

Dėl koinfekcijos latentine turberkulioze buvo ištirti 109 COVID-19 liga sergantys pacientai. Šiems pacientams buvo atliekamas gama interferono atpalaidavimo tyrimas iš kraujo - QuantiFERON-TB Gold Plus testas. Nustatyti 4 (3,67%) latentinės tuberkuliozės atvejai.

Koinfekcijų atvejų ligos eigos sunkumas, hospitalizacijos trukmė nesiskyrė nuo SARS-COV-2 monoinfekcijos atvejų.

2. Santykinės kiekybinės SARS-COV-2 viruso koncentracijos analizės COVID-19 infekcija sergančiųjų nosiaryklės/burnaryklės ėminiuose tyrimo rezultatai.

Tiriant tą patį mėginį skirtingomis reagentų ir įrangos sistemomis gautos nukleorūgščių amplifikacijos Ct vertės nėra identiškos. Tyrime nustatyta, kad Applied Biosystem gamintojo reagentų ir prietaisų sistemai pritaikius daugiklį 1,08, o Liferiver-Allplex reagentų ir prietaisų sistemai – daugiklį 1,05, statistiškai reikšmingų Ct verčių skirtumų tarp grupių nenustatyta t.y. Ct verčių skirtumai išlyginami ir skirtingomis reagentų ir įrangos sistemomis gautos Ct vertės tampa lygintinomis. Jeigu kartotiniai tyrimai pacientams atliekami skirtingomis reagentų ir prietaisų sistemomis, Ct verčių įvertinimui reikia taikyti normalizuojančius daugiklius.

Vidutinės Ct vertės daugeliu tyrimo momentų ligos eigoje buvo mažesnės (nurodančios didesnes viruso koncentracijas nosiaryklėje) mirusiems pacientams, palyginti su tais, kurie pasveiko (išgyvenusių Ct verčių mediana 33,8 [IQR 27,6-37,5], mirusių Ct verčių mediana 28,8 [IQR 24,3-32,4].

Išeičių prognozavimui statistiškai reikšmingi yra koreguotas viruso kiekio rodiklis (Ct), amžiaus ir lyties rodikliai. Šių rodiklių reikšmingumas išlieka analizuojant ir ligos eigos sunkumą. Pacientams, kuriems yra 50 metų ir daugiau, 10-ies metų amžiaus pokytis galimybę išgyventi sumažina 2,8 karto. Vyrai turi statistiškai reikšmingai mažesnę galimybę išgyventi negu moterys.

Atliekant SARS-COV-2 RNR nustatymo tyrimus vidutiniškai kas 7 (± 2) d. Ct vertės statistiškai reikšmingai skyrėsi dvi savaites nuo pirmojo SARS-COV-2 RNR nustatymo. Vidutinei Ct vertei per savaitę nuo pirmojo RNR aptikimo padidėjus penkiais amplifikacijos ciklais prognostinė galimybė išgyventi padidėja 1,9 karto. Jeigu Ct vertė didėja lėčiau, rekomenduojame tokius pacientus klasifikuoti kaip turinčius blogesnę išgyvenamumo prognozę.

3. SARS-COV-2 ir gripo virusų nukleorūgščių detekcijos rinkinio sukūrimas.

Sukurtas SARS-CoV-2 nukleorūgščių detekcijos rinkinys, nustatantis ORF1a, RdRp, N genų unikalius taikinius ir gripo A ir B taikinius. Sukurtas rinkinys validuotas SARS-COV-2 RNR kokybiniam nustatymui tiesiai iš ėminio (be nukleorūgščių išskyrimo). Nustatytas SARS-COV-2 analitinis jautrumas neatliekant RNR gryninimo arba aptikimo riba yra 4,5 viruso kopijos/reakcijoje (CI 95%). Gripo A analitinis jautrumas yra 6 kopijos/reakcijoje (CI 95%). Gripo B analitinis jautrumas yra 5 kopijos/reakcijoje (CI 95%).

4. SARS-COV-2 viruso nukleorūgščių nustatymo COVID-19 pacientų kraujyje, išmatose ir šlapime tyrimų rezultatai

SARS-COV-2 RNR kraujo plazmoje buvo aptikta 4 (4,1%) iš 98 COVID-19 sergančių pacientų. Dviejų ligos eiga buvo sunki, vieno – kritiškai sunki, ir vieno paciento – lengva. Aukštos Ct vertės rodo mažą viruso RNR koncentraciją ligonių kraujo plazmoje. SARS-COV-2 RNR buvo aptikta ir pacientų šlapime – pirmą ligos savaitę aptikta 4 iš 108 (3,7%), antrą savaitę 2 iš 98 (2%) ir trečią savaitę 1 iš 50 (2%). Šlapimo mėginių Ct vertės rodo esant nedidelį viruso kiekį ligonių šlapime. Iš tiesiosios žarnos SARS-COV-2 RNR pacientams buvo dažnai aptinkamas: pirmą ligos savaitę aptiktas 42 pacientams iš 91 (46,2%), antrą ligos savaitę 16 iš 75 (21,3%), ir trečią ligos savaitę 8 iš 42 (19%). Ct vertės rodo, kad viruso kiekiai išmatose yra didesni negu kraujyje ir šlapime, tačiau mažesni negu tų pačių pacientų nosiaryklėje. Tiesiosios žarnos tepinėliuose viruso RNR buvo aptinkama ilgesnį laiką negu nosiaryklėje.


Pagrindinių rezultatų nuorodos į viešai prieinamą mokslinę ir (ar) kitą projekto produkciją

Viešai prieinamos Projekto mokslinės produkcijos kol kas nėra. Pateikus baigiamąją ataskaitą LMT, kaip ir numatyta Projekte bus teikiamos 3 rekomendacijos LR Sveikatos apsaugos ministerijai, įvairioms draugijoms. Šiuo metu yra parengtos 2 mokslinės publikacijos, vyksta galutiniai derinimo darbai tarp publikacijų bendraautorių ir artimiausiu metu bus įteiktos spaudai.

Projekto preliminarių rezultatų viešinimo nuorodos: 

https://www.lrt.lt/mediateka/irasas/2000138699/mokslininkai-lietuvoje-siekia-ivesti-nauja-buda-nustatyti-covid-19-kuris-pagreitintu-testavima

https://www.lrt.lt/mediateka/irasas/2000138353/mokslas-be-pamokslu-kaip-nustatomas-covid-19-ir-kaip-galima-prognozuoti-ligos-eiga

https://naujienos.vu.lt/naujas-covid-19-detekcijos-rinkinys-ligos-diagnozavima-pagreitins-du-kartus/